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Open data, open science. Même combat.

Hors-cadre
Par · 20/12/2019
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En cette mi-décembre, l’équipe liégeoise du CHU de Liège qui est à l’origine de la solution de serveur open source Orthanc (échange et traitement d’imageries médicales) avait invité la communauté internationale des développeurs à sa première “Orthanc Conference”. A noter que la conférence était organisée de concert avec la communauté GNU Health, une solution open source de gestion de dossier médical informatisé et de système d’information hospitalier, essentiellement utilisée dans les pays en voie de développement ou dans des zones défavorisées en termes de services et d’infrastructures santé.

Plus de 80 personnes, en provenance d’une quinzaine de pays, ont participé à la conférence Orthanc. Profils? Des développeurs de logiciels libres, des sociétés de services, des utilisateurs finaux et des chercheurs.

Sébastien Jodogne, à l’origine de la solution Orthanc, se dit satisfait de ces trois jours de conférence: “Le principal enseignement est le fait qu’Orthanc bénéficie d’une grande base d’utilisateurs à l’échelle mondiale et qu’une véritable communauté internationale s’est rassemblée autour d’un logiciel wallon.

Petit rappel: la solution Orthanc, développée au CHU de Liège, combine les fonctions de serveur, de routeur, de passerelle de conversion (Dicom, https, JSON…) et procure librairies et API aux développeurs.
Orthanc permet de centraliser les images médicales, de gérer leurs transferts, visualisation et gestion via interface Web. Ce serveur est à la base de la solution Lify commercialisée par Osimis, spin-off du projet Orthanc.

L’aspect « libre » est particulièrement apprécié, ce qui stimule les échanges et le partage de connaissances sur l’imagerie médicale et permet de résoudre des problèmes de terrain. Notamment au niveau des systèmes publics de santé dans les économies émergentes.

C’est par exemple le cas en Malaisie, où Orthanc a été déployé pour gérer plus de 250.000 examens radiologiques dans quatr hôpitaux, avec des solutions de téléradiologie.”

“Tout ouvrir”: données, accès et science

La conférence était tout naturellement dédiée au phénomène des logiciels libres dans le secteur des soins de santé. Pour la séance inaugurale, les organisateurs avaient invité Bernard Rentier, ancien recteur de l’Université de Liège et grand défenseur et apôtre de l’“open science” et de l’ouverture des logiciels et des données.

Son exposé lui a permis une nouvelle fois de militer en faveur de la “libération” et de la transparence – celle des données, des algorithmes – qu’il estime indispensables pour la pérennité et la validité non seulement de la recherche scientifique mais aussi des solutions de soins de santé.

Bernard Rentier a publié, en décembre 2018, un livre sur ce thème, intitulé “Science Ouverte, le défi de la transparence”.

Le livre existe en version papier et électronique. Il a été édité par l’Académie Royale de Belgique, dans la collection Académie en poche. Référence ISBN/EAN: 978-2-8031-0659-2.

La version électronique est téléchargeable gratuitement, via le site de l’Académie Royale de Belgique, en utilisant ce lien.

“Dans le domaine de la science, en ce compris dans les sciences de la vie et de la santé, il est important de partager les savoirs le plus rapidement possible, sans frein en termes de rapidité de diffusion, d’accessibilité et de communication des résultats et de la manière dont ils ont été obtenus”, affirmait-il.

“Il est important de rendre publications et résultats de recherche vérifiables. Voilà pourquoi il faut pouvoir avoir accès à toutes les données. Les logiciels ne peuvent pas être des boîtes noires. Tout doit être ouvert.”

Open Access. La victoire est loin d’être acquise…

C’est en 2007 que Bernard Rentier commençait sa longue croisade en faveur de l’“open access”, en l’occurrence pour la libre accessibilité des publications scientifiques des chercheurs. Après l’avoir imposée à l’ULiège et convaincu les instances régionales et fédérales d’étendre le concept à l’échelle de la Belgique, il continue de militer afin d’aller au-delà de l’accès ouvert et de faire entrer l’open science et l’open data dans les réflexes et les habitudes.

Il estime qu’une bataille a été remportée mais que la guerre, elle, risque d’encore être longue. Notamment parce que les éditeurs, qui se sentirent particulièrement visés par le concept d’accès libre aux publications scientifiques, ont “pivoté”. Puisqu’ils ne pouvaient plus faire payer l’accès aux articles de recherche publiés par des chercheurs, ils se sont rabattus sur le paiement de… leur publication par les auteurs. 

“En soi, c’est pire!”

Bernard Rentier: “J’estime que lorsqu’un acteur pharma bénéficie d’un financement public, ne serait-ce que limité, la législation sur l’accès libre devrait s’appliquer.”

Bernard Rentier pourfend aussi cet autre aspect des choses: “nous vivons dans un contexte de guerre des secrets. Par exemple, du côté des sociétés pharmaceutiques qui préservent le secret des développements pour des raisons de rentabilité.

D’un point de vue moral, éthique, c’est une mauvaise chose et c’est, au minimum, inefficace. La profitabilité ne devrait pas être le seul but.

J’estime que lorsqu’un acteur pharma bénéficie d’un financement public, ne serait-ce que limité, la loi [sur l’accès libre] devrait s’appliquer. Les résultats doivent être accessibles publiquement.”

Volume, qualité et prestige

Bernard Rentier juge également inacceptable que tout le système demeure ancré sur une évaluation de la “valeur” d’un chercheur, d’un scientifique, sur le seul critère du nombre de publications auquel il procède en cours de carrière. “On fait ainsi fi d’autres paramètres et indicateurs. Le nombre de publications n’est pas une indication de qualité.”

Selon lui, aussi longtemps que le “prestige” ou la “valeur” dépendra du nombre de publications, avec ce verrouillage qu’implique les conditions financières imposées par les éditeurs, la science demeurera perdante. Pour plusieurs raisons.

Selon lui, “la moitié des essais médicaux ne sont jamais publiés. Ils ne sont donc pas versés dans les connaissances universelles.”

Autre déficit: le fait que les données dont l’utilisation et l’analyse ont permis les travaux de recherche et qui ont abouti à la publication d’un article, ne soient pas accessibles. “Si on ne peut pas accéder aux données, aux formules, aux algorithmes qui ont été appliqués aux données, on ne peut procéder à une évaluation pertinente. La vérification par les pairs, la faculté de reproduire, deviennent impossibles. C’est pour cela que nous nous battons.”

 

Bernard Rentier: “Aussi longtemps que les anciens indicateurs de prestige subsisteront, on n’encouragera pas les jeunes chercheurs à faire de l’open science, d’opter pour le partage de connaissances et de l’expérience.”

 

D’où son appel à “déstabiliser le système” en optant pour une évaluation multi-factorielle des chercheurs. Sa nouvelle bataille vise l’adoption d’une nouvelle matrice d’évaluation des carrières des scientifiques.

A ses yeux, le prisme d’évaluation et de reconnaissance des chercheurs est caduc. Lors de son exposé à la conférence Orthanc, il faisait une analogie avec le monde des sports.

“Il n’y a aucune obligation pour chaque chercheur d’être comme un champion de Formule 1. Mieux vaut privilégier le travail collaboratif et le partage avec les autres chercheurs que d’être le champion du monde.

A l’heure actuelle, les chercheurs sont rémunérés pour leur potentiel à devenir des champions du monde. C’est un désastre parce que cela tue la diversité des chercheurs. 

Le système en place privilégie le raisonnement unique, fait en sorte que tout le monde fasse la même chose, aille dans la même direction… comme les voitures de F1 qu’on ne distingue que par leur couleur.

On se base sur ce principe des champions de F1 alors qu’on a besoin de différents profils de pilotes et de différents moyens de transport.”

D’où l’idée – qui en est au stade de la proposition – d’“évaluer” les chercheurs sur base d’une matrice tridimensionnelle baptisée “open science career evaluation metrics” (OS-CAM).

“Quelle valeur réelle y a-t-il à évaluer un chercheur uniquement sur la base du nombre de ses publications ou du nombre de fois qu’il est cité dans une revue scientifique? Ramener l’ensemble de ses compétences à un seul chiffre est un véritable scandale.

Il faut s’appuyer sur une matrice reprenant les différentes qualités dont doit faire montre un chercheur à l’heure de la science ouverte. Notamment sa capacité à partager ses connaissances et expériences, à ouvrir ses données, à utiliser des logiciels open source… Le nombre de paramètres pris en compte peut s’élever une vingtaine ou trentaine afin de mieux refléter ce qu’on attend de lui…”

Cette matrice d’évaluation inclurait donc des paramètres touchant à des qualités personnelles, à l’implication du chercheur dans la société ou l’enseignement… 

La matrice servirait d’outil de référence mais ses utilisateurs (les universités désireuses d’engager un chercheur par exemple) pourraient adapter la pondération des différents critères en fonction de leur propre prisme.

Un autre avantage de cette approche multidimensionnelle serait d’adapter l’évaluation en fonction de chaque domaine de recherche – “on n’évalue pas un chercheur en sciences de la vie comme un autre qui évolue dans le monde des sciences humaines ou la psychologie…”, souligne Bernard Rentier.

Pour en apprendre plus sur le sujet, nous vous invitons à lire un document dont l’un des auteurs est Bernard Rentier et qui a été publié en juillet 2017 par la Commission européenne: “Evaluation of Research Careers fully acknowledging Open Science Practices”.

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